Introducción: La farmacoepidemiología contribuye al uso racional de los medicamentos. Objetivo: Evaluar el conocimiento sobre farmacoepidemiología en estomatólogos que participan en el curso virtual de farmacología de la Facultad de Estomatología de La Habana. Método: Se realizó un estudio descriptivo, observacional, transversal con enfoque cuantitativo y cualitativo, durante el primer semestre del año 2021. La  muestra, no probabilística, fue de 16 estomatólogos. Se aplicó un cuestionario sobre farmacoepidemiología con preguntas de opciones múltiples, y se emplearon dos preguntas abiertas para profundizar en aspectos claves. Resultados: Predominó nivel suficiente de conocimiento sobre farmacoepidemiología (50%); y conocimiento bueno en contenidos como reacción adversa a medicamentos (100%), seguridad de los medicamentos (100%), objetivo de la farmacoepidemiología (87,5%), ensayo clínico post-comercialización (87,5%). El conocimiento malo predominó en la necesidad de la farmacovigilancia (81,3%). Todos emitieron sus juicios sobre el reporte espostáneo de reacciones adversas (100%) y la mayoría expresó sus ideas sobre los estudios de utilización de medicamentos (68,7%). Conclusiones: La mitad de los participantes tienen conocimiento suficiente sobre farmacoepidemiología, en la mayoría de los contenidos predominó el conocimiento bueno, y se identificaron contenidos con conocimiento malo. Los factores que pueden obstaculizar la realización del reporte espontáneos de reacciones adversas se señalaron en cuatro categorías, y se considera que los estudios de utilización de medicamentos se pueden realizar en el ambito laboral.